Es la encargada de transformar los productos procedentes del sector agropecuario; es decir, de la agricultura y la ganadería.

En este proceso de manipulación existen ciertos riesgos para la salud. Las infecciones y las enfermedades infecciosas o parasitarias propagadas por animales o por los productos de desecho de éstos utilizados en la fabricación, son problemas profesionales comunes en la industria alimentaria. Entre estas zoonosis se encuentran el ántrax, la brucelosis, la leptospirosis, la tuberculosis bovina, el muermo, la erisipela, la fiebre Q, la fiebre aftosa, la hidrofobia, etc. Algunos manipuladores de alimentos pueden contraer una amplia gama de infecciones de la piel, incluido el ántrax, la actinomicosis y la erisipela. Ciertos frutos secos están plagados de ácaros que pueden afectar a los trabajadores en las operaciones de clasificación. Para ello es muy importante adoptar todas las medidas necesarias tales como la vacunación profiláctica específica contra las enfermedades infecciosas, la utilización de guantes adecuados y una higiene personal apropiada; pero sobre todo, unas instalaciones sanitarias que permitan adoptar tales precauciones ya que estas constituyen un requisito previo de toda industria alimentaria como protección del producto.